Civet SARS -CoV - Civet SARS-CoV
| Civet SARS-CoV | |
|---|---|
Virusklassificering 
|
|
| (orankad): | Virus |
| Rike : | Riboviria |
| Rike: | Orthornavirae |
| Provins: | Pisuviricota |
| Klass: | Pisoniviricetes |
| Ordning: | Nidovirales |
| Familj: | Coronaviridae |
| Släkte: | Betacoronavirus |
| Subgenus: | Sarbecovirus |
| Arter: | |
| Anstränga: |
Civet SARS-CoV
|
Civet SARS-CoV är ett coronavirus som är associerat med allvarligt akut respiratoriskt syndrom coronavirus (SARSr-CoV) infekterat med maskerad palm civet , som infekterade människor och orsakade SARS-händelser från 2002 till 2003. Det allvarliga akuta respiratoriska syndromet coronavirus (SARS-CoV) är starkt liknande, med en genomsekvenslikhet på cirka 99,8%. Eftersom flera patienter som smittats i början av epidemin hade kontakt med fruktätande japansk tvättbjörnhund (även kallad tanuki) på marknaden, kan fruktätande Tanuki vara en direkt källa till humant SARS-coronavirus. I slutet av 2003 smittades ytterligare fyra personer i Guangzhou i Kina med sjukdomen. Sekvensanalys visade att likheten med Tanuki -viruset nådde 99,9%, och SARS -coronaviruset orsakades också av fall av Tanuki -överföring.
En uppföljningsstudie av maskerad palmsivet har inte hittats i några få fall, vilket tyder på att frukttanuki kanske inte är den naturliga värden för SARS-coronavirus, utan endast en mellanliggande värd för viruset från en naturlig reservoar ( fladdermus ) till människor. Även om tanuki tankyum SARS -coronaviruset mycket liknar det hos humant SARS -coronavirus, finns det några punkter i receptorbindningsdomänen (RBD) för bördeprotein, och ORF8, som kodar för hjälpprotein, har en lång 29 nt -sekvens än mänskligt virus. När viruset är infekterat av människor av en artbarriär förändras dessa områden, vilket kan vara relaterat till anpassning av den nya miljön.
Upptäckt
.jpg)
Efter utbrottet av SARS testade forskare vilda djur som såldes i Shenzhen Guangdong , Kina. De fann att den maskerade palmsivet , mårdhunden och den kinesiska iller-grävlingen hade allvarligt akut respiratoriskt syndrom-relaterat coronavirus och fick två kompletta allvarliga akuta andningssyndrom-relaterade coronavirus- genom- sekvenser, SZ3 och SZ16 från näsproverna av maskerad palm-civet. Sekvenslikheten för SARS coronavirus Tor2 är 99,8%, och ett serumtest av marknadspersonal som ofta utsätts för frukttanuki har funnit att de har en högre SARS -antikropp än den allmänna befolkningen, vilket indikerar att tanuki kan vara en direkt källa till SARS coronavirus. I maj 2003 slaktades maskerad palmsivet i Guangdong för att kontrollera epidemin, och den såldes inte igen förrän förbudet upphävdes i slutet av augusti.
I december 2003, sex månader efter att Världshälsoorganisationen meddelat att SARS -epidemin var under kontroll, utbröt ett nytt utbrott i Guangzhou , där fyra personer smittades. Den maskerade palmsivet som säljs på den lokala marknaden och restauranger upptäckte också allvarligt coronavirus för akut respiratoriskt syndrom (Civet007, Civet010, Cive). T014, Civet019, Civet020, sekvensen är 99,9% liknande den allvarliga akuta respiratoriska syndrom-koronavirussekvensen hos två patienter (cafeteria servitörer och kunder), vilket indikerar att viruset som är infekterat med dessa fyra personer inte är ett mänskligt virus från epidemin 2002-2003 , men maskerad palm sivet. Masked palm civet är ett fall av människa som återinfekteras med maskad palm civet. På grund av att epidemin återupptogs slaktades den maskerade palmsivet på Guangzhou -marknaden återigen för att förebygga epidemi.
Vid utgången av 2004, forskare undersökt maskpalmmård på gårdar i Guangdong, Hunan och Henan , och endast vissa individer med svår akut respiratorisk sjukdom relaterade corona antikropp påträffades på en gård i Shanwei , Guangdong. Året därpå undersöktes mer än 1 000 de maskerade palmsivet i 12 provinser i Kina, och vildmaskerade palmsivet i Hongkong undersöktes också. Ingen person hittades infekterad med allvarligt akut respiratoriskt syndrom-relaterat coronavirus. Den tidigare undersökningen gjordes för en civet -bonde i Henan för Guangzhou -marknaden. Det maskerade palm civet -testet är positivt på marknaden, men alla individer på Henan -gårdar är negativa, vilket indikerar att den maskerade palm -civet bör infekteras på marknaden. Dessutom kan typiska kliniska symptom på frukttanuki ses i laboratoriet efter att ha smittats med mänskligt allvarligt akut respiratoriskt syndrom-relaterat coronavirus. Dessa studier visar att maskerad palm civet kan vara källan till mänskligt allvarligt akut respiratoriskt syndrom-relaterat coronavirus, men det bör inte vara dess naturliga reservoar , utan bara en mellanliggande värd som påskyndar spridningen av viruset från den naturliga reservoaren till människor, och det är också själv Det är infekterat med andra djur för att ha ett virus.
Filogenetisk
Ett fylogenetiskt träd baserat på helgenomsekvenser av SARS-CoV-1 och relaterade coronavirus är:
| SARS -CoV -1 -relaterat coronavirus |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SARS-CoV-2 , 79% till SARS-CoV-1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Den genomet sekvens av Civet SARS-CoV är mycket liknande den för humant SARS coronavirus. Skillnaderna inkluderar införingssekvensen av 29 nukleobas i ORF8, som kodar hjälpproteiner, och skillnaden mellan de få punkter av den bindande domänen (RBD) av receptorbindning av spik-protein och värdcellreceptor ACE2 .