Hayden är född och uppvuxen i Owensboro, Kentucky, där han för närvarande är bosatt. Hans två yngre bröder, Nicky och Roger Lee, är också professionella motorcykelåkare och hans far Earl var en grusvägscykel i tjugo år. Haydens mor, Rose, cyklade också i Powder Puff-klassen i fem år.
Hayden gifte sig med sin långvariga flickvän Christie Brown i november 2007 i Owensboro, KY.
Christie födde Klaudia Rose Hayden den 9 oktober 2009 och Olivia 17 juli 2003.
Racinghistoria
Han slutade 6: e i AMA Superbike Championship 2006. År 2004 vann han det första mästerskapet någonsin i AMA Supersport-klassen. 2001 vid Springfield TT tog Hayden-bröderna de tre första positionerna: Nicky Hayden placerade sig först, Tommy placerade sig på andra plats och Roger Lee Hayden slutade på tredje plats. 1998 AMA Superbike Rookie of the Year