Strukturmotiv - Structural motif
I en kedjeliknande biologisk molekyl , såsom ett protein eller nukleinsyra , är ett strukturellt motiv en vanlig tredimensionell struktur som förekommer i en mängd olika, evolutionärt orelaterade molekyler. Ett strukturmotiv behöver inte associeras med ett sekvensmotiv ; det kan representeras av olika och helt orelaterade sekvenser i olika proteiner eller RNA.
I nukleinsyror
Beroende på sekvensen och andra förhållanden kan nukleinsyror bilda en mängd olika strukturella motiv som man tror har biologisk betydelse.
- Spindelögla
- Stam-loop intramolekylär basparning är ett mönster som kan förekomma i enkelsträngat DNA eller, mer vanligt, i RNA. Strukturen är också känd som en hårnåls- eller hårnålsslinga. Det inträffar när två regioner av samma sträng, vanligtvis komplementära i nukleotidsekvens när de läses i motsatta riktningar, baspar för att bilda en dubbel helix som slutar i en oparad slinga. Den resulterande strukturen är en viktig byggsten för många RNA -sekundära strukturer.
- Korsformat DNA
- Korsformat DNA är en form av icke-B-DNA som kräver minst en 6 nukleotidsekvens av inverterade upprepningar för att bilda en struktur bestående av en stam, grenpunkt och slinga i form av en korsform, stabiliserad genom negativ DNA-supercoiling . Två klasser av korsformat DNA har beskrivits; vikt och utfälld.
- G-quadruplex
- G-quadruplex sekundära strukturer (G4) bildas i nukleinsyror av sekvenser som är rika på guanin . De är spiralformade och innehåller guanintetrader som kan bildas från en, två eller fyra trådar.
- D-slinga
- En förskjutningsslinga eller D-slinga är en DNA- struktur där de två strängarna i en dubbelsträngad DNA-molekyl separeras för en sträcka och hålls isär av en tredje DNA-sträng. En R-slinga liknar en D-slinga, men i detta fall är den tredje strängen RNA snarare än DNA. Den tredje strängen har en bas -sekvens som är komplementär till en av de viktigaste strängar och paren med det, vilket således förskjuta den andra komplementära huvud strängen i regionen. Inom den regionen är strukturen således en form av trippelsträngat DNA . Ett diagram i papperet som introducerar termen illustrerar D-slingan med en form som liknar ett stort "D", där den förskjutna strängen bildade slingan för "D".
I proteiner
I proteiner beskriver ett strukturmotiv anslutningen mellan sekundära strukturelement. Ett individuellt motiv består vanligtvis av endast ett fåtal element, t.ex. "helix-turn-helix" -motivet som bara har tre. Observera att även om den rumsliga sekvensen av element kan vara identiska i alla förekomster av ett motiv, kan de kodas i valfri ordning inom den underliggande genen . Förutom sekundära strukturella element innehåller proteinstrukturmotiv ofta slingor med variabel längd och ospecificerad struktur. Strukturella motiv kan också visas som tandemupprepningar .
- Betahårnål
- Extremt vanligt. Två antiparallella betasträngar som är förbundna med ett tätt varv av några aminosyror mellan dem.
- Grekisk nyckel
- Fyra betasträngar, tre anslutna med hårnålar, den fjärde vikt över toppen.
- Omega loop
- En slinga där resterna som utgör början och slutet av slingan är mycket nära varandra.
- Helix-loop-helix
- Består av alfa -spiraler bundna av en looping av aminosyror. Detta motiv ses i transkriptionsfaktorer.
- Zinkfinger
- Två betasträngar med en alfa -helix -ände vikt över för att binda en zinkjon . Viktigt i DNA -bindande proteiner.
- Helix-turn-helix
- Två a -helixer förenade med en kort sträng aminosyror och finns i många proteiner som reglerar genuttryck.
- Bo
- Extremt vanligt. Tre på varandra följande aminosyrarester bildar en anjonbindande konkavitet.
- Nisch
- Extremt vanligt. Tre eller fyra på varandra följande aminosyrarester bildar en katjonbindande egenskap.
Se även
Referenser
- PROSITE Databas över proteinfamiljer och domäner
- SCOP Strukturell klassificering av proteiner
- CATH Klass Arkitektur Topologi Homologi
- FSSP FSSP
- PASS2 PASS2 - Proteinjusteringar som strukturella superfamiljer
- SMoS SMoS - Databas över strukturella motiv från överfamilj
- S4 S4: Server för gruvdrift för supersekundär strukturmotiv