Orienteringar av proteiner i membrandatabasen - Orientations of Proteins in Membranes database
Innehåll | |
---|---|
Beskrivning | Databasen tillhandahåller rumslig ordning av proteiner i lipid dubbelskiktet |
Datatyper fångade |
Proteinstrukturer från PDB |
Organismer | Allt |
Kontakt | |
Forskningscenter | University of Michigan College of Pharmacy |
Primär citat | PMID 16397007 |
Utgivningsdatum | 2005 |
Tillgång | |
Dataformat | modifierat PDB-format |
Hemsida | http://opm.phar.umich.edu |
Ladda ner URL | OPM-filer |
Verktyg | |
webb | Server för beräkning av positioner för proteiner i membran |
Diverse | |
Licens | CC-BY 3.0 |
Version | 2,0 |
Curation policy | Kurerad |
Orienteringar av Proteiner i Membranes ( OPM ) databas tillhandahåller rumsliga positioner av membranproteinstrukturer med avseende på lipiddubbelskiktet . Proteinernas positioner beräknas med användning av en implicit solvationsmodell av lipid-dubbelskiktet. Resultaten av beräkningarna verifierades mot experimentella studier av rumslig placering av transmembran och perifera proteiner i membran.
Proteinstrukturer hämtas från Protein Data Bank . OPM ger också strukturell klassificering av membran-associerade proteiner i familjer och superfamiljer, membran topologi , kvaternär struktur av proteiner i membran bundet tillstånd, och den typ av en destinationsmembran för varje protein. Koordinatfilerna med beräknade membrangränser kan laddas ner. Webbplatsen tillåter visualisering av proteinstrukturer med membrangränsplan genom Jmol .
Databasen användes i stor utsträckning i experimentella och teoretiska studier av membranassocierade proteiner. Emellertid ingår inte strukturer för många membranassocierade proteiner i databasen om deras rumsliga arrangemang i membran inte kan förutsägas beräkningsmässigt från den tredimensionella strukturen. Detta är fallet när alla membranförankrande delar av proteinerna ( amfifila alfa-spiraler , exponerade icke-polära rester eller lipiderade aminosyrarester ) saknas i de experimentella strukturerna. Databasen inkluderar inte heller strukturer med lägre upplösning med endast huvudkedjeatomer som tillhandahålls av Protein Data Bank . De beräknade rumsliga arrangemangen för proteinstrukturerna med lägre upplösning i lipid-dubbelskiktet finns i andra resurser, såsom PDBTM.