Undertyper av hiv - Subtypes of HIV

Mänskliga immunbristvirus
Filogenetiska träd av SIV- och HIV -virus
Filogenetiskt träd av SIV- och HIV -virus
Vetenskaplig klassificeringRedigera denna klassificering
(orankad): Virus
Rike : Riboviria
Rike: Pararnavirae
Provins: Artverviricota
Klass: Revtraviricetes
Beställa: Ortervirales
Familj: Retroviridae
Underfamilj: Orthoretrovirinae
Släkte: Lentivirus
Grupper ingår
Kladistiskt inkluderat men traditionellt uteslutet taxa

Ett av hindren för behandling av det humana immunbristviruset (HIV) är dess höga genetiska variation. HIV kan delas in i två huvudtyper, HIV-typ 1 (HIV-1) och HIV-typ 2 (HIV-2). HIV-1 är relaterat till virus som finns hos schimpanser och gorillor som lever i västra Afrika, medan HIV-2-virus är relaterade till virus som finns i den sotiga mangabeyen , en sårbar västafrikansk primat. HIV-1-virus kan ytterligare delas in i grupper. HIV-1-grupp M-virusen dominerar och är ansvariga för AIDS-pandemin. Grupp M kan vidare indelas i undertyper baserat på genetiska sekvensdata. Några av undertyperna är kända för att vara mer virulenta eller är resistenta mot olika mediciner. På samma sätt anses HIV-2-virus vara mindre virulenta och överförbara än HIV-1 M-gruppvirus, även om HIV-2 också är känt för att orsaka AIDS.

Huvudtyper

HIV-1

HIV-1 är den vanligaste och patogena stammen av viruset. Över 2 miljoner sådana infektioner förekommer årligen. Forskare delar upp HIV-1 i en större grupp (grupp M) och två eller flera mindre grupper, nämligen grupp N, O och möjligen en grupp P. Varje grupp antas representera en oberoende överföring av SIV till människor (men undertyper inom en grupp är inte). Totalt finns 39 ORF i alla sex möjliga läsramar (RF) för HIV-1 fullständig genom-sekvens, men bara några av dem är funktionella.

Grupp M

Med "M" för "major" är detta den överlägset vanligaste typen av HIV, med mer än 90% av HIV/AIDS-fall som härrör från infektion med HIV-1-grupp M. Detta stora HIV-virus som var källan till pre -1960 pandemivirus uppstod på 1920 -talet i Léopoldville , belgiska Kongo , idag känt som Kinshasa, som nu är huvudstad i Demokratiska republiken Kongo (DRC). Dess zoonotiska ursprung är SIVcpz, som infekterar schimpanser. M -gruppen är vidare indelad i klader, kallade undertyper, som också ges en bokstav. Det finns också "cirkulerande rekombinanta former" eller CRF som härrör från rekombination mellan virus av olika undertyper som var och en får ett nummer. CRF12_BF, till exempel, är en rekombination mellan undertyper B och F.

  • Undertyp A är vanlig i östra Afrika.
  • Undertyp B är den dominerande formen i Europa, Amerika, Japan och Australien. Dessutom är subtyp B den vanligaste formen i Mellanöstern och Nordafrika. Det kan ha exporterats från Afrika när haitiska proffs besökte Kinshasa på 1960 -talet och tog det till Haiti 1964.
  • Subtyp C är den dominerande formen i södra Afrika, östra Afrika, Indien, Nepal och delar av Kina.
  • Subtyp D syns vanligtvis bara i östra och centrala Afrika.
  • Subtyp E finns i Sydostasien som är den dominerande formen för heterosexuella eftersom överföringshastigheten är mycket högre än de flesta andra undertyper.
  • Undertyp F har hittats i Centralafrika, Sydamerika och Östeuropa.
  • Undertyp G (och CRF02_AG) har hittats i Afrika och Centraleuropa.
  • Undertyp H är begränsad till Centralafrika.
  • Undertyp I användes ursprungligen för att beskriva en stam som nu redovisas som CRF04_cpx, med cpx för en "komplex" rekombination av flera undertyper.
  • Undertyp J finns främst i Nord-, Central- och Västafrika och Karibien
  • Undertyp K är begränsad till Demokratiska republiken Kongo (DRC) och Kamerun.
  • Undertyp L är begränsad till Demokratiska republiken Kongo (DRC).

Den rumsliga rörelsen för dessa undertyper rörde sig längs järnvägarna och vattenvägarna i Demokratiska republiken Kongo (DRC) från Kinshasa till dessa andra områden. Dessa undertyper är ibland ytterligare uppdelade i undertyper som A1 och A2 eller F1 och F2. År 2015 befanns stammen CRF19 , en rekombinant av subtyp A, subtyp D och subtyp G, med en undertyp D -proteas vara starkt associerad med snabb progression till AIDS på Kuba . Detta anses inte vara en fullständig eller slutlig lista, och ytterligare typer kommer sannolikt att hittas.

Hiv-1-subtypsprevalens 2002

Grupp N

'N' står för "icke-M, icke-O". Denna grupp upptäcktes av ett fransk-kamerunskt team 1998, när de identifierade och isolerade HIV-1-variantstammen, YBF380, från en kamerunsk kvinna som dog av AIDS 1995. Vid testning reagerade YBF380-varianten med ett kuvertantigen från SIVcpz snarare än med grupp M eller grupp O, vilket indikerar att det verkligen var en ny stam av HIV-1. Från och med 2015 har färre än 20 grupp N -infektioner registrerats.

Grupp O

O-gruppen ("Outlier") har infekterat cirka 100 000 individer i västra Centralafrika och brukar inte ses utanför det området. Det är enligt uppgift vanligast i Kamerun, där en undersökning från 1997 visade att cirka 2% av HIV-positiva prover var från grupp O. Dess zoonotiska ursprung är SIVgor, som infekterar gorillor (snarare än den vanligare källan, SIVcpz). Gruppen orsakade viss oro eftersom den inte kunde upptäckas av tidiga versioner av HIV-1-testpaketen. Mer avancerade HIV -test har nu utvecklats för att upptäcka både grupp O och grupp N.

Grupp P

Under 2009 rapporterades att en nyanalyserad hiv -sekvens har större likhet med ett simian immunbristvirus som nyligen upptäcktes hos vilda gorillor (SIVgor) än med SIV från schimpanser (SIVcpz). Viruset hade isolerats från en kamerunsk kvinna bosatt i Frankrike som diagnostiserades med HIV-1-infektion 2004. Forskarna som rapporterade denna sekvens placerade det i en föreslagen grupp P "i avvaktan på identifiering av ytterligare mänskliga fall".

HIV-2

HIV-2 har inte varit allmänt erkänt utanför Afrika. Den första identifieringen av HIV-2 inträffade 1985 i Senegal av mikrobiologen Souleymane Mboup och hans medarbetare. Det första fallet i USA var 1987. Det första bekräftade fallet av HIV-2 var en portugisisk man som behandlades på London Hospital for Tropical Diseases och senare dog 1978. Han tros ha utsatts för sjukdomen i Guinea-Bissau där han bodde mellan 1956 och 1966. Hans patologiska diagnos var då kryptosporidium och enterovirusinfektion, men en analys av hans lagrade serum 1987 visade att han var infekterad med HIV-2.

Många testkit för HIV-1 kommer också att upptäcka HIV-2.

Från och med 2010 finns det åtta kända HIV-2-grupper (A till H). Av dessa är endast grupperna A och B pandemiska. Grupp A finns främst i Västafrika, men har också spridit sig globalt till Angola , Moçambique , Brasilien, Indien, Europa och USA. Trots förekomsten av HIV-2 globalt är grupp B huvudsakligen begränsad till Västafrika. Trots den relativa inneslutningen bör hiv-2 övervägas hos alla patienter som uppvisar symptom på hiv som inte bara kommer från Västafrika, utan också alla som har haft någon vätskeöverföring med en person från Västafrika (dvs nåldelning, sexuell kontakt, etc.).

HIV-2 är nära besläktat med simian immunbristvirus som är endemiskt hos sotiga mangabeys ( Cercocebus atys atys ) (SIVsmm), en apa som bor i skogarna i Littoral West Africa. Filogenetiska analyser visar att viruset som är närmast besläktat med de två hiv-2-stammarna som sprids avsevärt hos människor (hiv-2-grupperna A och B) är SIVsmm som finns i de sotiga mangabeyerna i Tai-skogen, i västra Elfenbenskusten .

Det finns ytterligare sex kända HIV-2-grupper, som alla har hittats hos bara en person. De verkar alla härröra från oberoende överföringar från sotiga mangabeys till människor. Grupp C och D har hittats hos två personer från Liberia , grupper E och F har upptäckts hos två personer från Sierra Leone och grupper G och H har upptäckts hos två personer från Elfenbenskusten. Var och en av dessa HIV-2 stammar, för vilka människor är förmodligen återvändsgränd värdar är mest nära besläktad med SIVsmm stammar från cercocebus atys bor i samma land där den mänskliga infektionen konstaterades.

Diagnos

Huvudartikel: Diagnos av hiv/aids

HIV-2-diagnos kan ställas när en patient inte har några symtom utan positivt blodarbete som indikerar att individen har HIV. Multispot HIV-1/HIV-2 Rapid Test är för närvarande den enda FDA-godkända metoden för sådan differentiering mellan de två virusen. Rekommendationer för screening och diagnos av HIV har alltid varit att använda enzymimmunoanalyser som detekterar HIV-1, HIV-1 grupp O och HIV-2. Vid screening av kombinationen, om testet är positivt följt av en obestämd HIV-1 western blot , måste ett uppföljningstest, såsom aminosyratestning , utföras för att skilja vilken infektion som finns. Enligt NIH bör en differentialdiagnos av HIV-2 övervägas när en person är av västafrikansk härkomst eller har haft sexuell kontakt eller delat nålar med en sådan person. Västafrika löper störst risk eftersom det är virusets ursprung.

Behandlingar

HIV-2 har visat sig vara mindre patogen än HIV-1. Mekanismen för HIV-2 är inte klart definierad, inte heller skillnaden från HIV-1, men överföringshastigheten är mycket lägre för HIV-2 än HIV-1. Båda infektionerna kan leda till AIDS hos drabbade individer och båda kan mutera för att utveckla läkemedelsresistens. Sjukdomsövervakning hos patienter med HIV-2 inkluderar klinisk utvärdering och CD4-cellantal, medan behandling inkluderar anti-retroviral terapi (ART), nukleosid revers transkriptashämmare (NRTI), proteashämmare (PI) och icke-nukleosid revers transkriptashämmare (NNRTI) ) med tillsats av CCR5-co-receptorantagonister och fusionshämmare .

Valet av initial och/eller andra linjens terapi för HIV-2 har ännu inte definierats. HIV-2 verkar vara resistent mot NNRTI i sig, men kan vara känsligt för NRTI, även om mekanismen är dåligt förstådd. Proteashämmare har visat variabel effekt, medan integrashämmare också utvärderas. Kombinationsregimer av de ovan angivna terapierna undersöks också och visar också variabel effekt beroende på vilka typer av behandlingar som kombineras. Även om mekanismerna inte är klart förstådda för HIV-1 och HIV-2, är det känt att de använder olika vägar och mönster, vilket gör algoritmerna som används för att utvärdera HIV-1-resistensassocierade mutationer irrelevanta för HIV-2.

Varje virus kan smittas individuellt, eller de kan dra ihop tillsammans i det som kallas saminfektion. HIV-2 verkar ha lägre dödlighet, mindre allvarliga symptom och långsammare progression till AIDS än HIV-1 ensam eller saminfektion. Vid saminfektion är detta dock i hög grad beroende av vilket virus som först smittades. HIV-1 tenderar att konkurrera HIV-2 om sjukdomsprogression. Saminfektion tycks vara ett växande problem globalt allt eftersom tiden går. De flesta fall identifieras i västafrikanska länder, liksom vissa fall i USA.

Graviditet

Om en gravid mamma utsätts, utförs screening som normalt. Om det finns hiv-2 kan ett antal perinatala ART-läkemedel ges som profylaktisk för att minska risken för överföring från mor till barn. Efter att barnet har fötts bör en standard sex veckors behandling av dessa profylaktiska medel initieras. Bröstmjölk kan också innehålla partiklar av HIV-2; Därför avråds amning strikt.

Evolution

Den snabba utvecklingen av hiv kan tillskrivas dess höga mutationshastighet. Under de tidiga stadierna av mutationen tycks evolutionen vara neutral på grund av frånvaron av ett evolutionärt svar. Men när man undersöker viruset hos flera olika individer kan konvergenta mutationer återfinnas i dessa viruspopulationer oberoende av varandra.

HIV-utveckling inom en värd påverkar faktorer inklusive virusets börvärde viral belastning . Om viruset har en låg börvärdesviral belastning kommer värden att leva längre, och det är större sannolikhet att viruset kommer att överföras till en annan individ. Om viruset har en hög börvärde för virusbelastning kommer värden att leva en kortare tid och sannolikheten för att viruset kommer att överföras till en annan individ är mindre. HIV har utvecklats för att maximera antalet infektioner till andra värdar, och denna tendens till selektion för att gynna mellanstammar visar att HIV genomgår stabiliserande urval.

Viruset har också utvecklats till att bli mer smittsamt mellan värdar. Det finns tre olika mekanismer som gör att hiv kan utvecklas på befolkningsnivå. Den ena inkluderar den kontinuerliga kampen för att utvecklas och övervinna immunsystemet, vilket bromsar utvecklingen av HIV och flyttar virusets fokus mot en befolkningsnivå. Ett annat inkluderar den långsamma utvecklingen av virusbelastningen på grund av att virala belastningsmutationer är neutrala inom värden. Den sista mekanismen fokuserar på virusets preferens att överföra grundande virusstammar som lagras under de tidiga stadierna av infektionen. Denna preferens för viruset att överföra sina lagrade genomkopior förklarar varför HIV utvecklas snabbare inom värden än mellan värdar.

HIV utvecklas till en mildare form men är "en väldigt lång väg" från att inte längre vara dödlig.

Läkemedelsresistensmutationer

Isolat av HIV-1 och HIV-2 med resistens mot antiretrovirala läkemedel uppstår genom naturligt urval och genetiska mutationer, som har spårats och analyserats. Stanford HIV Drug Resistance Database och International AIDS Society publicerar listor över de viktigaste av dessa; första året som listade 80 vanliga mutationer, och det senaste året 93 vanliga mutationer, och gjordes tillgängliga via Stanford HIV RT och Protease Sequence Database .

Se även

Referenser

externa länkar